Papua Adventist Academy menetapkan standar untuk memiliki karakter seperti Kristus, unggul dalam sains dan teknologi, serta menjadi kreatif, produktif, dan mandiri.
Misi Papua Adventist Academy adalah mewujudkan pendidikan Advent yang saleh dan melayani, mengembangkan kemampuan siswa untuk menjadi kompeten dalam sains dan teknologi, menginspirasi mereka untuk menjadi kreatif, produktif, dan mandiri, serta menciptakan lingkungan sekolah Adiwiyata.
Memulihkan citra Allah yang hilang, mewujudkan siswa yang sehat secara fisik, mental, sosial, dan rohani, membentuk karakter Kristus, kehidupan yang takut akan Allah, dan pikiran yang berdasarkan Alkitab, mewujudkan siswa yang berprestasi dalam sains, teknologi, keterampilan, dan kemandirian, melatih siswa untuk berpikir kritis, kreatif, dan inovatif, serta menghasilkan lulusan yang gemar melayani Tuhan dan sesama.
Tuhan adalah Pencipta dan Sumber Pengetahuan, manusia diciptakan oleh Tuhan, Alkitab dan Roh Nubuat adalah dasar iman, Gereja Masehi Advent Hari Ketujuh adalah perwakilan Tuhan, dan Sekolah adalah Perangkat Organisasi Masehi Advent Hari Ketujuh.
